Toinen isku on tapahtunut ja sen aiheutti meteoriitti. Enkeleitä ei ilmesty, koska niitä ei ole. NERV on olemassa, mutta se on YK:n alainen organisaatio, mikä tutkii meteoriitin aiheuttajaa, sen vaikutuksia ja miksi sitä ei huomattu ajoissa. SEELEä ei ole, koska isku ei ollut Enkelin aiheuttama eikä kuolleenmeren kääröjä ikinä löydetty. Kaikki päähenkilöt Nagisaki Kaworu-kunia lukuunottamatta ilmestyvät jossakin vaiheessa. Shinji ja Asuka ovat lapsuudenystäviä ja ovat samalla luokalla. Samalla luokalla ovat myös Touji Suzuhara, Aida Kenzuke sekä Hikari. Shinji pelaa baseballia juniorisarjassa ja on ykkösvahti. Asuka aina huutaa hänelle ja muiden pelaajien on vaikea keskittyä kun he ihastelevat Asukaa (tämän luonteesta piittaamatta). Rei Ayanami tulee jonkin ajan päästä vaihto-oppilaana Shinjin luokalle. Shinji kyllä näkee Rein, kun hän tuli kerran katsomaan Wild Warriorssin peliä. Asuka tietenkin huutaa Shinjille kun tämä ei keskity peliin ja saa pallon silmiensä väliin. Rei on tässäkin sarjassa hiljainen persoona, jolle tunteet ovat vieraita, mutta hän alkaa ''hallitsemaan'' tunteitaan kun alkaa viettää aikaansa Shinjin seurassa. Misato on töissä NERVissä, mutta myös opettajana Shinjin koulussa. Kaji on Wild Warriorssin valmentaja, jonka kimpussa Asuka aina kyöhnää. Vuosi on 2015 jKr.
Ayanami's Diary Chapter 1 - Bullseye -
Shinjillä on peli kesken ja WW ( Wild Warriors ) on ulkovuorossa. TG ( Tokio Goths ) ovat sisävuorossa ja heillä on 2. ja 3. pesä täynnä sekä 1. palo. TG:n lyöjä on lyönyt 2 kertaa ohi ja tuijottaa koko ajan Asukaa. Kun Lyöjä vilkuttaa Asukalle, Asuka näyttää kaunista sormeaan, jolloin lyöjä hullaantuu ja pamauttaa sellaisen pommin että huh huh. Takakenttämies ei saa koppia mutta Saa pallon pompusta kiinni ja heittää se 1. pesälle. Shinji saa kopin mutta ei ehdi koskettaa pesää ennen kuin lyöjä on ehtinyt pesään. Ja voitte arvata kuinka iloinen Asuka on... Tällä välin Katsomoon ( jossa on vain muutama henkilö ) on saapunut sinitukkainen tyttö, johon Shinji kiinnittää huomionsa. Hän ei ole ikinä nähnyt tyttöä aikaisemmin ja ei saa silmiään irti tästä. Eipä aikaakaan kun syöttäjä syöttää pallon ja TG:n lyöjä pamauttaa matalan tykin kohti ykköspesää. Shinji, jonka huomio on keskittynyt tyttöön ei näe tulevaa palloa ennen kuin Syöttäjä ( Touji ) huutaa Shinjille. Shinji ehtii juuri katsoa palloon kohti, ennen kuin se pamahtaa suoraan hänen silmiensä väliin, ja Shinji kaatuu tajuttomana maahan. TG:n pelaajat juoksevat sinä aikana 3 juoksua ja yhden kunnarin. Asuka KILAHTAA! Sitten Shinji nousee ylös ja näkee katsojien nauravan, kaikki nauravat paitsi se sinitukkainen tyttö. Hän vain katsoo ilmeettömänä Shinjiä, jonka jälkeen hän lähtee pois. Kun Shinji talutetaan pois Asuka tulee hänen luokseen ja moittii Shinjiä ( pahimmalla mahdollisella tavalla ) sekä kyselee että mmikä sinulle yht'äkkiä tuli? Aida on vaihtopenkillä kuvaamassa peliä ja ajattelee ääneen että kumpa tollanen käskyttäis muakin kerran. Touji huokaisee ja ihmettelee että mikä Aidassa on normaalia. Shinjiä ei päästetä kentälle takaisin WW:n ulkovuoron aikana. Pian TG tekee 3. palonsa ja WW:lle tulee tasoittava vuoro ja he ovat 2 juoksua tappiolla. WW:n ensimmäinen lyöjä pääsee pesälle, niinkuin toinenkin, ja sitten on Toijin lyöntivuoro ja hän lyö ensimmäisellä kunnon pommin. Kokkospesällä oleva lähtee juoksemaan, mutta ei ehdi kolmospesälle ajoissa ja palaa. Aida on seuraavana lyömässä ja lyö kaksi ensimmäistä huti. Kolmannella hän laittaa näpyn kohti kolmospesää, ja niin ''Saigo'' palaa. Nyt on Shinjin lyöntivuoro, ja Touji on kakkospesällä ja Aida ykköspesällä. Shinji lyö ensimmäisellä löysän, jonka aikana Touji ja Aida lähtivt juoksemaan. Molemmat ehtivät pesille, mutta Aida vain täpärästi. Toisen Shinji lyö ohi jolloin Asuka näyttää taas todellisen luonteensa. Ennen kolmatta lyöntiä Kaji ottaa ''aikalisän''. Koko aikalisän aikana Asuka kyöhnää Kajin kainalossa niin, ettei Kaji ehdi kunnolla jaella ohjeita. Juuri kun Shinji kävelee takaisin lyömään, hään näkee sinitukkaisen tytön toisella puolella kenttää vesilammen luona. Shinji saa tästä päättäväissyyttä ja huutaa Aidalle että valmiina juoksemaan.
Ayanami's Diary Chapter 2 - The Fame -
Shinji katsoo tiiviisti sinitukkaista tyttöä vastapäisellä lammella ja sitten keskittyy syöttäjään joka on syöttämässä. Kapteeni näyttää kierre palloa, ja syöttäjä valmistautuu heittämään. Heitosta tulee kova, mutta kierre ei onnistu kovin hyvin. Shinji pamauttaa palloa kaikilla voimillaa ja osuu nappiin. Pallo lentää kauas, aina vastapäisen lammen rantaan. Siitä riemu irtoaa. Touji ja Aida tekevät juoksun ja SHinji juoksee elämänsä ensimmäisen kunnarin. Asuka riemuitsee, mutta heti Shinjin tultua kotipesään Asuka SAnoo tympeästi että jo oli aikakin ( tai jotain sinne päin ). Peli loppuu siihen, ja WW juhlii. Asuka moiskauttaa jopa Shinjiä poskelle, minkä Aida huomaa. Aida huokaa ja mutisee *Aina Shinji-kun*. Misato tulee Shinjin luokse ja onnittelee tätä omalla tavallaan. Ensin ottaa hörpyt kaljastaan, sitten antaa Shinjille ison halauksen, ja sitten tarjoaa hörppyjä kaljastaan. Shinji kieltäytyy ja menee vaihtamaan vaatteita. Matkalla Shinji kohtaa Aidan katseen ja on kuulevinaan jotain Irstaasta pojasta, mutta on niin väsynyt ja ihmeissään ettei välitä siitä juuri sillä hetkellä, ja menee pukuhuoneeseen. Siellä hän menee suihkuun. Kun hän tulee pois suihkusta hän kokee yllätyksen. Sinitukkainen tyttö on seisomassa keskellä pukuhuonetta ja katsoo Shinjiä päin. Shinji nolostuu ja hyppää takaisin suihkuun. Sinitukkainen tyttö katsoo suoraan suihkua päin ja sanoo *Anteeksi, mutta sinnulta jäi tämä*. Sitten hän näyttää palloa, joka hänellä on käsissään. Shinji kurkkaa ovelta tyttöä, ja katsoo palloa. Hän pyytää tyttöä tuomaan hänelle pyyhkeen. Kun Shinji on saanut pyyhkeen kiedottuaan ympärilleen, hän tulee vähän aristellen pois suihkusta. Hän katsoo tyttöä ja sitten palloa. Hän ottaa pallon ja kiittää. Tyttö on lähdössä, mutta Shinji huutaa vielä perään * Mikä on sinun nimesi*? Tyttö kääntyy ja vastaa ilmeettömänä * Rei Ayanami*.
Ayanami's Diary Chapter 3 - Newcomer -
Ayanami astuu ovesta ulos jonka suulle ovat Aida ja Touji ilmestyneet. He katsovat ihmeissään Ayanamia ja kun hän on mennyt he kääntävät katseensa Shinjiin. Aida sekoaa lopullisesti ja menee nurkkaan itkemään. Touji vain tuijottaa Shinjiä. hetken päästä Shinji sanoo * Mitä asiaa*? Aidalla napsahtaa jokin päässä ja hän huutaa Shinjille, että eikä tälle riitä kaksi kaunotarta ( tai jotain sinne päin ). Shinji huokaisee ja sitten yrittää selittää ettei hän mitään tehnyt vaan tyttö tuli itse pukuhuoneeseen. Sillä aikaa Touji on jo vironnut ja sanoo Shinjille, ettei hän näytä kovin uskottavalta. Shinji kysyy miksi, mutta ennen kuin hän saa vastauksen, hän katsoo alaspäin ja huomaa että jokin asia sojottaa eteenpäin. Shinji säikähtää ja pakenee suihkuun nolona. Sillä välin hän kuulee naureskelua pukuhuoneessa, mutta sen jälkeen ovi käy ja huoneeseen tulee hiljaista. Shinji kurkkaa huoneeseen, jossa ei ole ketään Hän menee kaapilleen ja alkaa vaihtamaan vaatteitaan. Juuri kun hän on laittanut kalsarit jalkaansa, Asuka ryntää huoneeseen. *Shinji, mihin jäit?* Asuka huutaa, mutta pysähtyy kuin seinään, kun näkee Shinjin. Läps! *Iih Shinji senkin Horny Swain!*. Shinji huutaa Asukalle että tämä on poikien pukuhuone. Seuraavaksi Aida on tulossa hakemaan unohtunutta kameraa, mutta kääntyy jo ovella pois. Oven takaa kuuluu nyyhkytystä, jonka aikana Shinji pukee ennätysajassa päälleen. Sitten hän menee pakastimelle, ja hakee jääpussin poskelleen ja lähtee huoneesta. Asuka jää ihmettelemään Shinjin käytöstä ja tajuaa vasta hetken päästä lähteä Shinjin perään, ja ryntää huutaen käytävään.
Ayanami's Diary Chapter 4 - Newcomer -
Shinji herää napakkaan iskuun. Asuka pamautti Shinjiä keskelle silmiä. Shinji valittaa Asukalle ettei tämä viitsisi tehdä tätä, jonka jälkeen hän kääntää kylkeään ja jatkaa uniaan. Asuka repäisee peiton lattialle ja sitten kiljaisee. Hän lyö Shinjiä poskelle ja sanoo tätä kiimaiseksi siaksi ( taas kerran ). Shinji valittaa että se on normaalia aamulla. Shinji nousee ylös ja pukee päälleen Asukan jutellessa keittäessä kahvia. ( Shinji asuu yksiössä, koska hänen äitinsä (Yui) on kuollut auto-onnettomuudessa hänen ollessaan pieni ja isä on omistautunut työlleen NERVissä. Shinjin puettua hän käy hakemassa kahvia ja paahtaa itselleen leipää. Kun hän on syönyt hän ottaa koululaukkunsa ja he lähtevät koulumatkalle.