Sixxin isä jätti perheen parin vuoden kuluttua Sixxin syntymästä. Sillä välin Sixx oli ehtinyt kuitenkin saada siskopuolen ja sisaren, josta Sixxillä ei ollut paljon tietoa. Vasta monien vuosien jälkeen Sixx sai tietää totuuden siskopuolestaan.
Sixxin lapsuus ja nuoruus oli hankala. Äiti ei pystynyt huolehtimaan lapsestaan erityisen hyvin, ja Sixx vietti suurimman aikaa isovanhempiensa kanssa. Isovanhemmat muuttivat usein, joten Sixx joutui jatkuvasti uuteen ympäristöön, josta seurasi sopeutumisvaikeuksia. Nikki kuitenkin viihtyi isovanhempien kasvatuksessa ja he tukivat Nikkiä kaikessa kuin omaa poikaansa.
Sixx vaihtoi teini-iässä nimensä Frank Ferrano nimeksi Nikki Sixx, koska oli saanut Frank-nimensä isänsä mukaan. Isä oli aiemmin tätä kieltänyt poikansa Nikkin, ja torjunut myös tämän avunpyynnöt.