Terrori-iskuissa kuoli yhteensä 2 993 ihmistä, mukaan lukien kaappaajat.[6] Suurin osa kuolleista oli siviileitä, joiden joukossa oli kansalaisuuksia yli 90 maasta. Vähintään yhden uhrin kuolinsyy oli hengityssairaus, jonka aiheutti kaksoistornien sortumisesta aiheutunut pöly.[7]
Pian iskujen jälkeen Yhdysvaltain hallitus syytti iskuista al-Qaidaa, jota oli jo aiemmin pidetty syyllisenä useisiin terrori-iskuihin. Iskut olivat Yhdysvaltojen hallituksen selvityksen mukaan ensimmäinen vieraiden joukkojen hyökkäys Yhdysvaltojen mantereelle vuoden 1812 sodan jälkeen. Kuolonuhrien määrä oli suurempi kuin Pearl Harborin hyökkäyksessä vuonna 1941, jonka jälkeen Yhdysvallat liittyi mukaan toiseen maailmansotaan.
Yhdysvallat vastasi terrori-iskuihin panemalla alulle "terrorismin vastaisen sodan" hyökkäämällä Taliban-liikkeen hallitsemaan Afganistaniin, jossa uskottiin iskujen päätekijän Osama bin Ladenin olevan; sekä USA PATRIOT-lailla. Monet muutkin maat vahvistivat terrorismin vastaisia toimiaan ja laajensivat pakkotoimenpiteitään. Jotkin amerikkalaiset arvopaperipörssit pysyivät suljettuina koko iskujen jälkeisen viikon ajan ja erityisesti lentokone- ja vakuutusyhtiöt ilmoittivat suuret häviöt avattuaan uudelleen. Biljoonien dollareiden arvoisen toimistotilan uudelleenrakennus aiheutti suuria vahinkoja Ala-Manhattanin taloudessa.
Pentagonin kärsimät vahingot saatiin korjattua seuraavan vuoden sisällä ja Pentagon Memorial -muistomerkki rakennettiin rakennuksen viereen. World Trade Centerin alueen uudelleenrakennus on alkanut, ja vuonna 2006 7 World Trade Centerin viereen rakennettu uusi toimistotorni saatiin valmiiksi. 1 World Trade Centeriä ollaan kunnostamassa ja sen oletetaan valmistuvan vuoteen 2011 mennessä, jolloin siitä tulisi Pohjois-Amerikan korkein rakennus (531 m). Alun perin vuosina 2007 ja 2012 piti rakentaa myös kolme muuta tornia.
